Este subsistema proporciona una completa administración de los registros financieros del AFMS. Sus funciones incluyen la emisión de facturas, el registro de pagos y la producción de informes financieros. El AFMS utiliza el sistema estándar de contabilidad por partida doble para registrar y rendir cuentas de todas las transacciones financieras que se introducen en el libro diario. También se proporciona la funcionalidad para establecer cuentas y tablas de tarifas. El subsistema Facturación y recaudación adjudica de manera inmediata las tarifas de las licencias a las cuentas de ingresos correspondientes una vez se ha emitido una factura, y cualquier ajuste producido en una cuenta se verá reflejado en el libro diario.