Este subsistema permite al usuario del sistema coordinar asignaciones de frecuencia nacionales con países vecinos, así como procesar solicitudes de coordinación procedentes de países vecinos. También se ocupa del proceso de notificación de asignación de frecuencias a la UIT:

Coordinación de entrada
El módulo de coordinación de entrada permite a la entidad administrativa evaluar conflictos posibles entre las estaciones nacionales y las asignaciones de frecuencia propuestas de otros países. La asignación solicitada se registra en el subsistema Análisis técnico y se evalúa utilizando las funciones de análisis de compatibilidad electromagnética (CEM) del AFMS. Una vez se ha completado el análisis, se envía la respuesta al país extranjero solicitante en la que se indican los resultados.

Coordinación de salida
El AFMS registra las solicitudes de coordinación de salida a países vecinos y a la UIT. Cuando se realizan coordinaciones de salida, los usuarios del sistema preparan y envían solicitudes de coordinación bilateral y notificaciones a la Oficina de Radiocomunicaciones (BR) de asignaciones propuestas. Las asignaciones de frecuencia se examinan primero en el subsistema Análisis técnico, a continuación se procesan en el subsistema Coordinación / notificación. El operador coordina entonces la asignación. Se preparan formularios de notificación para la BR y solicitudes de coordinación bilateral para las entidades administrativas extranjeras.